Штефан Кордес изучал орган (класс соло) и церковную музыку (степень «A») в Гамбурге, Штутгарте и Вене. Получил стипендию Академического фонда германского народа и был удостоен наград нескольких международных конкурсов органистов, в том числе конкурсов в Оденсе (Дания) и Любляне (Словения). Он принимал участие в нескольких мастер-классах, позволивших ему расширить свой репертуар. Работал церковным музыкантом в Хайденхайме и Вуппертале (Германия). С 2001 года он является кантором и органистом Церкви Св. Якова в Гёттингене. Кроме того, Штефан Кордес является художественным руководителем фестиваля «Международные дни органа в Церкви Святого Якова».

Штефан Кордес как органист побывал с концертами в Австрии, Хорватии, Дании, Франции, Великобритании, Латвии, России и др. странах. Кроме того, Штефан Кордес принимал участие в различных фестивалях в Германии (во Фрауэнкирхе и Кройцкирхе в Дрездене и др.). Когда в 2007 году было завершено «Новое издание Баха», «Новое Баховское общество» пригласило Штефана Кордеса выступить с «Искусством фуги» Баха на большой церемонии, посвящённой этому событию. 

В 2001 году в сотрудничестве с волжскими виртуозами Штефан Кордес записал компакт-диск с «Картинками с выставки» и «Песнями и плясками смерти» Модеста Мусоргского в аранжировке для щипковых и органа.

Штефан Кордес даёт концерты в качестве пианиста, камерного музыканта и аккомпаниатора на вокальных концертах. 

В пермской программе органиста прозвучат хоральные фантазии из Органной мессы, «Десяти заповедей», «Единому Богу слава в вышних!» из «Лейпцигских хоралов», Прелюдия и фуга ля минор, Токката, адажио и фуга До мажор Иоганна Себастьяна Баха; хоральная прелюдия «Принарядись, прекрасная душа!» Иоганнеса Брамса; Хорал № 3 ля минор Сезара Франка; Аллегро из симфонии № 6 соль минор Шарля-Мари Видора; Старинный праздничный псалом Оскара Линдберга; Прелюдия из симфонии № 2 до-диез минор Марселя Дюпре.